und alle zusätzlichen Einstellungen innerhalb von nginx selber definiere?
Geschmackssache. Wechselst du bspw. irgendwann auf einen anderen Webserver (Apache2 o.ä.), dann musst du halt alles händisch aus den NGINX-Configs rauskopieren und ggf. im Apache einpflegen, was unnötiger Aufwand wäre.
EDIT: 2 Pools unter der gleichen Owner/Gruppe macht kein Sinn oder bzw. kann man das trotzdem machen?
Nein. Genau so hebelst du ja den eigentlichen "Schutz" der Benutzer/Gruppen-Separierung aus.
Wird Seite A gehackt, ist Seite B mit großer Wahrscheinlichkeit mit dran.