Hallo,
das sind ja verschiedene Bereiche und dazu werden i.d.R. dann auch unterschiedliche Scripte/Tools benötigt.
Eine "Eierlegendewollmilchsau" gibt es eigentlich dafür nicht und das wäre auch nicht angebracht.
Dafür ist die Geschichte zu sensibel.
Die Frage ist vor allem, um welche Form Server es dabei geht: Einfacher Web-Space (Shared-Server), vServer oder eigener Root-Server?
SSH-Zugang vorhanden?
Für die ersten Fälle gäbe es beispielsweise den MyOOSDumper, das ist der für PHP 7.x modifizierte Nachfolger des eingestellten MySQLDumper.
Damit kannst Du die Datenbank sowohl manuell als auch automatisch sichern, bearbeiten und die Dumps kannst Du sowohl direkt auf dem Server ablegen, als auch extern oder per Mail zusenden lassen.
Auch für FTP gibt es diverse Tools, wobei Du den Bereich auch ebenso gut direkt auf eine lokale Festplatte ziehen kannst. Und sei es per FTP-Client.
Das betrifft ja fast nur das gesamte Web-Verzeichnis, den Rest wird spätestens der Hoster ohnehin sichern und vorhalten. Davon ist stark auszugehen und das wäre im Normalfall ja auch nicht Dein Problem, wenn da was schief läuft (auf einem Shared-Server oder anderweitig "managed").
Im dritten Fall kommt es darauf an, WIE/WO die Mails abgelegt sind.
Wenn sich das Ganze auf demselben Server abspielt, sollte der Bereich ja durch eine der anderen beiden Methoden mit abgedeckt sein.
Liegt der Mail-Bereich aber irgendwo extern beim Hoster, wird dieser den ganz sicher separat sichern. Da geht im Normalfall also auch nichts verloren und darum musst Du Dich eigentlich nicht selber kümmern.
Sollte es sich aber um einen eigenen Root-Server handeln, gibt es ohnehin ganz andere Möglichkeiten durch den Voll-Zugriff und Du kannst z.B: ganze Platten spiegeln, redundanten Raid-Verbund erstellen und vieles mehr.
Ich hoffe aber NICHT, dass es sich darum handelt, denn in dem Fall müsste man diese Frage erst gar nicht stellen. 
Ein Root-Server ist ja kein Spielzeug.
Also gehe ich mal von einem Shared mit ganz normalem Web-Paket aus.
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