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Wenn es sich um Webspace handelt, dann kann das nur dein Webhoster machen. Bei einem dedizierten Server kannst du die Optimierungen per Shell durchführen.
Wenn InnoDB nicht optimiert werden kann, dann müssen ggf. entsprechend die Scriptlaufzeiten im PHP erhöht werden. Sonst läuft das Script in einen Timeout bevor MySQL überhaupt geantwortet hat.