Inwiefern ergibt sich hier überhaupt ein relevanter Unterschied? Inhalte werden über vielfältige Arten untereinander verlinkt, so dass beispielsweise eine nicht indizierte Tag-Liste (die von Google und Co schon fast als Link-Spam angesehen wird), keine Auswirkungen auf die Erfassung der dazugehörigen Themen hat.
Dazu kommt noch, dass das Weglassen des nofollow dazu führt, dass die jeweiligen Seiten trotzdem regelmäßig von Suchmaschinen angesteuert werden, um zu mindestens die enthaltenen Links zu identifizieren. In der Konsequenz steigt der Traffic auf eigentlich ausgeschlossenen Seiten, die aber letztlich nur redundante Verlinkungen aufweisen. Am Ende steht eine langsamere Erfassung der Inhalte im Index, weil Suchmaschinen häufiger damit beschäftigt sind, nutzlose Seiten auf Links abzusuchen, statt die wirklichen Inhalte zu verarbeiten. Gerade im Hinblick auf die verwendeten Budgets pro Seite kann sich das schnell negativ auswirken und am Ende zu schlechteren Ergebnissen in Suchmaschinen führen, eben weil wichtigere Inhalte fehlen.
Es geht hier hauptsächlich um die interne Verlinkung als wesentlicher Rankingfaktor bei der Suchmaschinenoptimierung:
Interne Seiten, die häufiger verlinkt werden als andere, haben auch einen höheren Stellenwert bei Google. Durch die Kennzeichnung als Nofollow, werden alle interne Links auf diesen Seiten nicht mehr gewichtet. Manche WSC-System-Seiten, die wir grundsätzlich auf Nofollow setzen, werden aber z.B. von jeder einzelnen Seite im Footer verlinkt. Diese Seiten bekommen also viel Linkjuice, stehen aber auf Noindex, können mit dem Linkjuice also nicht anfangen, ihn aber auch gleichzeitig nicht weitergeben, da die Seiten auf Nofollow stehen. Das ist halt verschenktes SEO-Potenzial. Für viele womöglich nicht relevant, für uns allerdings schon 
Seit März diesen Jahres werden als Nofollow gekennzeichnete Links durch Google übrigens dennoch fürs Crawling verwendet, daher werden zukünftig auch diesen Links gefolgt.
Belassen wir es dabei: Es ist ein Streitthema. Zumindest die Bezeichnung im ACP sollte meiner Meinung nach angepasst werden - das ist ja vermutlich das kleinste Problem 
die beides de/aktivierbar macht.
Wenn schon an den noindex, nofollow Tags gearbeitet wird, will ich nochmal diese Verbesserung in Erinnerung rufen, die mit wenigen Codezeilen (und ohne negative Auswirkungen auf die jetzige Gestaltung) Entwicklern ermöglicht sehr gezielt Einfluss auf die eigenen (wie auch immer gelagerten) SEO-Präferenzen zu nehmen.
Was soll uns das nun mitteilen?
Der Wunsch ist schon lange abgeschlossen...
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