Ich würde mich hier nicht auf die Einzigartigkeit versteifen. Denn per definitionem ist ein Singleton eben einzigartig (deswegen nennt man das ja auch "Highlander--Pattern"). Es gibt sicherlich viele Anwendungsfälle, in denen man ein Singelton benutzt, aber wo es kaum Mehrwert gibt, dies als Core-Object zu registrieren.
Viel wichtiger ist, dass man eben über eine Instanz des WCFs den Zugriff bekommt (und so, wie du bereits gesagt hast, auch im Template daran kommt, das ist imho der viel wichtigere Punkt).
Wenn man sich mal die bereits mitgelieferten CoreObjekte anschaut, dann wird auch deutlich, welche Funktion sie erfüllen sollten. PageMenu, ACPMenu, Benchmark, Breadcrumbs und LinkHandler haben alle eine Funktion, die für alle Applikationen gleich ist, aber pro Aufruf unterschiedliche Werte haben kann.
So wie PHP funktioniert wird eben bei jedem Aufruf jedes Objekt neu erzeugt, PHP arbeitet die Requests eben so ab. Anders ist das z.B. bei Java Server Pages, wo der Servlet Container die ganze Zeit läuft und man somit Objekte wiederverwenden kann (oder bei vergleichbaren Archtiekturen, siehe IIS + C#). Das hat aber wenig mit Singletons etc. zu tun sondern ist bei PHP + Webserver achitekturbedingt.